האם חופש ההתארגנות וחופש ההפגנה והמחאה זה אותו הדבר?

לא.
חופש ההתארגנות - לכל אדם יש זכות להקים אירגון כלשהו, או להצטרף אל האירגון, כחלק מהאידאולוגיה שלו (פוליטי, דתי וכו').
חופש ההפגנה והמחאה - הזכות להביע ביקורת באופן עצמאי/כחלק מקבוצה מסוימת, מול גוף ממשלתי/ציבורי.