האטומים עשויים מהחומרים שהם מרכיבים?

לא.
אטומים מורכבים מאלקטרונים פרוטונים וניוטרונים.
החומר ברזל מורכב מאטומי ברזל.

שואל השאלה:
זו לא הייתה השאלה שלי

לא, הוא לא עשוי מחומר, הוא מרכיב את החומר. הוא מעין ייצוג של מטענים חיוביים ושליליים.