איך הפחמן לא כל כך מזהם בהשוואה לתרכובות אחרות??

האמת, זו שאלה מאוד מורכבת, אנסה לענות בצורה פשוטה.
אני מניח ששאלתך מתייחסת לשריפת דלק פחמימני (גז טבעי לדוגמא) לאומת שריפה של דלקים המבוססים תרכובות אחרות.
ובכן, בתהליך שריפת דלק פחמימני (בהנחה שהשריפה היא בתנאים נכונים) תוצרי השריפה הינם פחמן דו חמצני ומים (כי הדלק שמורכב מפחמן ומימן מתחבר עם חמצן שבאויר). שני תוצרים אלו לא נחשבים מזהמים רציניים (כי בלאו הכי קיימים בטבע בכמות לא מבוטלת).
בתהליך שריפת תרכובות אחרות, תוצרי הלוואי הינו חומצות מסוכנות למדי, למשל תחמוצות הגופרית.
אם לא הסברתי מספיק טוב תכתבי בגוגל "שריפה סטוכיומטרית", יש מאמר טוב של מכון וויצמן שמסביר את הנושא.